В 1811 году после провозглашения независимости президент Парагвая пригласил в страну инженеров-евреев из Австрии. Один из них, Ф. Виннер де Моргенштерн, в 1847 году возглавил парагвайский флот. В 1863 - 1870 годах он участвовал в войнах с Аргентиной, Бразилией и Уругваем. Парагвай до сих пор ощущает последствия той войны. В ней погибли три четверти населения страны, почти все мужчины, страна потеряла тогда свыше 150 тысяч квадратных километров территории и границу с Уругваем.

В 1870 - 1880 гг. в стране проживали 20 евреев-выходцев из Франции. В 1904 - 1905 гг. в Парагвай приехали ашкеназы из России и Польши, а в 1908 году - сефарды из Эрец Исраэль, которые привезли с собой свиток Торы из Иерусалима, после чего в Парагвае собрался первый миньян (молитвенный кворум - не менее 10 молящихся мужчин-евреев).

В период с 1910 по 1920 гг. в Парагвай переехали несколько сотен евреев из стран Восточной Европы, Греции и Турции. В 1917 году еврейское население Парагвая насчитывало около 600 человек. Почти все евреи начала ХХ века занимались торговлей и ремеслами. Попытка создать еврейское сельскохозяйственное поселение окончилась неудачей.

В 1913 году возникла сефардская община «Темпло исраэлита латино», в 1916 году ею была создана хевра-кадиша (похоронное бюро общины) и куплен участок земли для еврейского кладбища.

В 1915 - 1916 годах группа евреев, живших в столице страны, - Асунсьоне, основала культурное общество и женскую организацию.

В 1920 году прибывшими евреями из России и Польши была создана Ассоциация евреев Парагвая и образовалась ашкеназская община «Сосьедад уньон эбраика». В 1924 году там же открылся молодежный центр имени М. Нордау, в 1925 г. - Талмуд-Тора (религиозная школа).

В 1933 - 1939 гг. в Парагвай прибыли около десяти тысяч (по другим данным - 15 - 20 тысяч) евреев-беженцев из Германии, Австрии и Чехословакии. Однако беженцам вскоре пришлось покинуть Парагвай из-за того, что конце 1930-х годов в стране резко усилились антисемитские настроения, инспирированные германскими эмиссарами и русской черносотенной эмиграцией. Под их влиянием правительство в 1938 году выслало из Парагвая 17 еврейских семей, а в 1939 году запретило иммиграцию евреев. Почти все они вскоре покинули страну, а оставшиеся к 1941 году 1200 человек основали синагогу и еврейский общественный центр.

Запрет на въезд евреев был снят в середине 1940-х гг., после чего в страну переселилась группа европейских евреев, переживших Катастрофу, в том числе из шанхайского гетто. Они образовали общину «Уньон де исраэлитас про сокорро мутуо», впоследствии слившуюся с «Уньон эбраика».

В послевоенный период экономическое положение евреев Парагвая существенно упрочилось, многие из них стали крупными промышленниками и коммерсантами. Генерал А. Стресснер, правивший страной в 1954 - 1989 гг., в целом лояльно относился к евреям, однако в последние годы его пребывания у власти в Парагвае резко усилилась антисемитская пропаганда с призывами к бойкоту всего еврейского. Это вызвало решительный протест со стороны еврейских организаций.

Еврейское население Парагвая сконцентрировано в городах Асунсьоне, Консепьсоне и Вильярике. Имеются ортодоксальные ашкеназские, сефардские и немецко-реформистские синагоги. Работают две еврейские школы и детские сады. Несмотря на то, что евреи страны принадлежат к различным течениям иудаизма, они объединены в общину - отделение Всемирного еврейского конгресса. Сионистское движение охватывает молодежные организации, ВИЦО, Магбит, «Друзья иерусалимского еврейского университета».

В 1980-х годах началась эмиграция еврейской молодежи в Аргентину и Бразилию. Но совершенно прекратилась в конце 1990-х - начале 2000-х годов из-за тяжелого экономического и политического кризисов в Аргентине. В конце ХХ - начале XXI века в Парагвае наблюдается увеличение числа смешанных браков. Но в таких семьях большинство детей получают еврейское воспитание. В Асунсьоне функционируют три синагоги: ашкеназская, сефардская и движения ХАБАД. 71 % еврейских детей учатся в еврейской средней школе «Эстадо де Исраэль». В Асунсьоне находится Еврейский музей Парагвая. В стране действует сионистская организация. Все еврейские общины и организации страны входят в Еврейский представительный совет Парагвая.

Проявления антисемитизма в современном Парагвае довольно редки. Но в июне 2000 г. распространялись неонацистские памфлеты в Американском университете в Асунсьоне. Преподаватель университета, принимавший участие в распространении памфлетов, был уволен.

По официальным данным на 1990 год в Парагвае проживали 900 евреев, в 2000 году - 1000. По сведению раввина из Ла-Паса Леви Фейгельштока в начале 2008 года в стране насчитывалась примерно тысяча евреев.

Представитель Парагвая в ООН голосовал в 1947 году за резолюцию о разделе Палестины. Вскоре после провозглашения независимости Израиля Парагвай установил с ним дипломатические отношения. Посольство Израиля в Парагвае было открыто в 1968 г. Интересы Парагвая в Израиле представляет посол этой страны в Италии. Отношения между двумя странами неизменно дружественные.